Il complesso dei Musei Civici raggruppa il Museo Archeologico e il Museo d'Arte Medioevale e Moderna. I Musei sono ospitati nei chiostri dell'ex convento dei frati Eremitani. Fanno parte del complesso la Cappella degli Scrovegni e Palazzo Zuckermann. 
La raccolta archeologica  ha origine dalla raccolta lapidaria di Alessandro Maggi da Bassano, uno dei piu' noti intellettuali del Cinquecento che fece della sua abitazione una sorta di Museo. Nell'Ottocento l'abate padovano Giuseppe Furlanetto fece collocare la raccolta Maggi nelle logge esterne del Palazzo della Ragione. Nacque cosi' il primo nucleo lapidario, inaugurato nel 1825 dall'imperatore Francesco I d'Austria. A tale data risale quindi la piu' antica raccolta archeologica pubblica di Padova, cui poi si aggiunse materiale proveniente da donazioni e da scavi cittadini e del territorio circostante. Le prime sale ben documentano la continuità di vita di Padova e dell'agro patavino dalla protostoria all'età romana. Le successive sono riservate alla collezione egizia, ai materiali etruschi, greci, italioti e a una collezione di gemme antiche e moderne. Nel chiostro minore è collocata la collezione lapidaria di epoca romana, costituita da colonne, trabeazioni, capitelli, fregi ed elementi architettonici provenienti da recuperi e scavi nel centro di Padova.
Il Museo d'Arte Medioevale e Moderna ospita una collezione molto ricca: al primo piano, nella Pinacoteca, si possono ammirare capolavori dell'arte del Trecento, tra cui la croce di Giotto e gli angeli di Guariento, del Quattrocento, fra cui le opere di Squarcione, maestro del Mantegna, del Cinquecento fra cui le opere di Romanino, Veronese, Tintoretto , del Seicento e Settecento, fra cui le opere del Podovanino e del Tiepolo.

Eremitani Civic Museums

The Civic Museums complex contains the Archeological Museum and the Medieval and Modern Art Museum and is hosted in the cloisters of the Eremitani friars' former convent. The Scrovegni Chapel and the Zuckermann Palace are also part of the museum complex. The archeological collection arises from the lapidary assortment of Alexander Maggi, one of the most famous intellectuals of the sixteenth century born in Bassano, who transformed his home into a museum. In the nineteenth century, the abbot Joseph Furlanetto had his Maggi collection located in the outer loggias of Palazzo Della Ragione. Thus, the first lapidary core was born, and Frances I of Austria inaugurated it in 1825. The most ancient public archeological collection in Padua dates back to this date. Over time, other materials from donations and excavations in the city and the surrounding area were added. The first rooms well document the continuity of the life of Padua and its countryside from protohistory to the Roman age. The following rooms are dedicated to an Egyptian collection, Etruscan, Greek, and Italiote materials, and a collection of ancient and modern gems. The lapidary collection comprises columns, trabeations, capitals, friezes, and architectural features from recoveries and excavations in the center of Padua. The Medieval and Modern Art Museum hosts a rich collection: on the first floor, in the art gallery, the visitor may see masterpieces of fourteenth-century art, including Giotto's cross and Guariento's angels, the fifteenth century, including Squarcione (Mantegna's teacher), the sixteenth century, including Romanino and Tintoretto, the seventeenth and eighteenth century, including Padovanino and Tiepolo.